Jest absolwentem Akademii Ekonomicznej w Poznaniu, doktorem nauk ekonomicznych. Od 2001 roku Prezydent Pracodawców Rzeczypospolitej Polskiej, najstarszej i największej organizacji pracodawców w Polsce, skupiającej ponad 19 000 przedsiębiorstw, zatrudniających przeszło 5 milionów pracowników. Od października 2019 r. przewodniczący Rady Dialogu Społecznego.
Przedstawiciel polskich pracodawców w Europejskim Komitecie Ekonomiczno-Społecznym oraz grupie B20. Jest również reprezentantem Pracodawców RP w Międzynarodowej Organizacji Pracodawców (IOE).
Poseł na Sejm II kadencji. W 1996 r. tworzył od podstaw nowe Ministerstwo Gospodarki, a następnie został w nim sekretarzem stanu.
Jako lider polskich pracodawców przewodniczył BIAC Polska – Komitetowi Doradczemu ds. Przemysłu i Handlu przy OECD. Członek Narodowej Rady Integracji Europejskiej. Przedstawiciel polskich pracodawców w Europejskim Komitecie Ekonomiczno-Społecznym. W 2005 r. został wybrany pierwszym wiceprezydentem Europejskiej Organizacji Pracodawców Przedsiębiorstw Sektora Publicznego. Jest również reprezentantem Pracodawców RP w Międzynarodowej Organizacji Pracodawców (IOE). W 2010 prezydent RP Lech Kaczyński powołał go na członka Narodowej Rady Rozwoju. W 2013 r. został wybrany na Przewodniczącego Międzynarodowej Rady Koordynacyjnej Związków Pracodawców na kadencję w latach 2014-2015.
Pasją Andrzeja Malinowskiego jest popularyzowanie idei przedsiębiorczości i zasad wolnego rynku. Uważa, że Polacy są niezwykle przedsiębiorczy, czego dowodzą od 1989 r. Szybko nauczyli się gospodarki rynkowej, potrafią z dużą intuicją ekonomiczną prowadzić swoje firmy i konkurować z najlepszymi.
Andrzej Malinowski został uhonorowany Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski oraz innymi odznaczeniami państwowymi, a także Orderem Uśmiechu – przyznawanym przez dzieci za działania przynoszące dzieciom radość.